Η πιο σημαντική καλλιεργιτική φροντίδα για την ρίγανη ιδιαιτέρως κατά το πρώτο έτος της φύτευσης του, αφού τα νέα φυτά πρέπει να γίνου δύο ετών για να δώσουν παραγωγή. Όλο αυτό το χρονικό διάστημα χρειάζεται συνεχή φροντίδα από τον καλλιεργητή.Ο κύριος εχθρός είναι τα αγριόχορτα που φυτρώνουν ανάμεσα τους και που προσπαθούν να εξαπλωθούν.
Ο καλύτερος τρόπος αντιμετώπισης των ζιζανίων, βιολογικά, ειναι το σκάλισμα το ξερίζωμα δηλαδή των αγριόχορτων (ζιζανίων) με τη χρήση γεωργικών εργαλείων όπως σκαλιστήρι, τσάπα και το βοτάνισμα την απομάκρυνση δηλαδή των ζιζανίων με τα χέρια όταν δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν τα παραπάνω εργαλεία πχ. στην περίοδος πλήρης ανάπτυξης, που υπάρχει κίνδυνος να καταστραφούν στελέχη. Το σκάλισμα γίνεται μία φορά το φθινόπωρο και μία φορά την άνοιξη. Εάν όμως ο καιρός είναι βροχερός τότε χρειάζεται τρίτο και τέταρτο σκάλισμα. Το βοτάνισμα γίνεται μία φορά το χρόνο, συνήθως πριν τη συγκομιδή.
Άλλος τρόπος είναι η χρήση ζιζανιοκτόνων. Ωστόσο, και αυτός ο τρόπος, εκτός απο το μειονέκτημα της χρήσης χημικών στον αγρό, προκσλεί την δημιουργία υπολλειμάτων στα αιθέρια έλαια.
Το φυτό προσβάλλεται από ασθένειες της ρίζας που μπορεί να το οδηγήσουν ακόμα και σε θάνατο. Εκτός από τη ρίζα προσβάλλονται τα φύλλα και ο βλαστός. Αυτά τα παθογόνα ίσως να απαιτείται να καταπολεμηθούν με τη χρήση χημικών σκευασμάτων. Για να μειωθεί το ενδεχόμενο να προσβληθούν τα φυτά από μύκητες καλό είναι να αναπτύσσονται σε ξηρότερες συνθήκες με χαμηλότερη υγρασία.